К крупнейшим ВУЗам Чехии относятся:

Карлов Университет в Праге (Univerzita Karlova v Praze)-известнейший чешский университет, один из старейших в Европе. Имеет 17 факультетов и является крупнейшим вузом страны. Среди факультетов которого:
- три теологических факультета (католический, евангелистский и гуситский);
- шесть медицинских факультетов (из них 3 в Праге, по одному в Плзене и Градце-Кралове и фармацевтический факультет);
- физико-математический факультет(физика, математика, информатика);
- юридический факультет;
- факультет философии и искусств;
- педагогический факультет;
- факультет социальных наук (экономика, менеджмент, журналистика, международные отношения);
- природоведческий факультет;
- факультет физической культуры и спорта (менеджмент);
- факультет гуманитарных наук
Пражский Экономический Университет (VŠE)-возникший в начале 20-го века, сейчас является крупнейшим центром изучения экономических наук в Чехии. VŠE имеет:
- Факультет финансов и бухгалтерии
- Факультет международных отношенийФакультет экономики предприятия
- Факультет информатики и статистики
- Факультет государственной экономики
- Факультет менеджмента, который находится в Jindřichově Hradci.

Масариков Университет (Masarykova univerzita)-находится в Брно. На сегодняшний день Масариков университет является вторым по величине ВУЗ Чехии. Состоит из девяти факультетов:
- Юридический факультет
- Медицинский факультет
- Факультет естественных наук
- Философский факультет
- Педагогический факультет
- Факультет экономики и управления
- Факультет информатики
- Факультет социальных наук
- Спортивный факультет

Чешский Технический Университет в Праге (ČVUT)- главный центр изучения технических наук:
- Строительный факультет
- Машиностроительный факультет
- Электротехнический факультет
- Архитектурный факультет
- Факультет транспорта
- Факультет ядерной и физикальной инженерии
- Факультет биомедицинской инженерии
- Факультет информационных технологий

Чешский Земледельческий Университет в Праге (ČZU)-крупнейший аграрный ВУЗ:
- Факультет агробиологии
- Факультет экономики и управления
- Технический факультет
- Факультет окружающей среды
- Факультет лесоперерабатывающей промышленности
Тройку сильнейших вузов, предлагающих изучение творческих специальностей, составляют:
- Академия Изобразительных Искусств в Праге (AVU)
- Академия Искусства, Архитектуры и Дизайна в Праге (VŠUP)
- Академия Исполнительных Искусств в Праге (AMU)